В 1770-1771 годах госпиталь боролся с эпидемией чумы, затем в нём лечили раненых – в Отечественную войну 1812 года и во время других войн, вплоть до наших дней. Здесь работали выдающиеся российские медики: Щепин, Самойлович, Мухин, Склифосовский, Плетнев, Юдин, Бурденко, а также проводил первые показательные операции с использованием наркоза знаменитый хирург Пирогов.
Основное здание госпиталя построил в 1798-1802 годах зодчий Иван Еготов.
В 1907 году госпиталь получил имя «Московский генеральный императора Петра I военный госпиталь», а всему персоналу были пожалованы на погоны вензеля «PP» (Petrus Primus).
В декабре 1918 года, по решению исполкома Моссовета, это лечебное учреждение стало называться Первым Коммунистическим Красноармейским военным госпиталем, а в 1944 году – Главным военным госпиталем Красной Армии.
Сегодня Главный военный клинический госпиталь имени академика Николая Бурденко является мощным многопрофильным лечебным учреждением. На его базе функционирует 130 лечебно-диагностических отделений и лабораторий, 10 кафедр, интернатура.
За последние годы здесь были возвращены к полноценной жизни сотни раненых, доставленных в госпиталь из зон вооружённых конфликтов. Главный военный клинический госпиталь Бурденко по праву считается одним из ведущих госпиталей России, его авторитет и высочайший профессионализм врачей признаны медицинской, научной и культурной общественностью не только в нашей стране, но и во всём мире.